Сочинение на тему Вариант мутации гена GPT2

Введение

Интеллектуальная инвалидность (ИД) – это заболевание центральной нервной системы, которое поражает 2-3% населения мира. Имея широкий спектр признаков и симптомов, три основных критерия составляют диагностическую картину умственной отсталости: коэффициент интеллекта (IQ) менее 70, присутствуют симптомы до 18 лет и дефицит как минимум двух адаптивных форм поведения [Prada 2016; Celis 2015].

Это клинически гетерогенное расстройство может развиться вследствие генетических и / или экологических причин. Генетический фактор риска, de novo или наследственный, считается ответственным за 25-50% этих случаев, и этот показатель увеличивается с серьезностью ID [Prada 2016; Кауфман 2010; Celis 2015]. С этой точки зрения, ID можно классифицировать в синдромальной и несиндромальной формах.

Несмотря на то, что более 450 генов-кандидатов были идентифицированы для Mendelian ID, но в половине случаев причина заболевания остается неизвестной [Kaufman 2010]. Развитие технологии секвенирования ДНК за последнее десятилетие сделало драматическую эру для открытия генетической этиологии ИД. Было проведено более тридцати исследований для выявления случайных вариантов в различных семьях, включая случайные или семейные случаи [Rabbani2014]. Например, Наджмабади и соавт. сообщили о 50 новых генах-кандидатах в 136 иранских семьях [Najmabadi 2011].

Хотя приблизительно 1% генома (30 Мб) (~ 3 × 10 7 пар оснований) являются кодирующими последовательностями [Rabbani 2014], представляется, что стратегия Whole Exome Sequencing (WES) может быть хорошим инструментом для понимания генетическая патология такого клинически гетерогенного расстройства. Используя [WES / Trio WES], мы обнаруживаем новый вариант гена GPT2, который влияет на всех затронутых братьев и сестер иранской семьи в гомозиготной мутации.

Метод:

Исследование населения

Пробанду было 23 года. мальчик из полу-большой иранской семьи, у которого было три больные сестры и три здоровые сестры. Он страдал от умственной отсталости без каких-либо пороков развития.

После получения подписанного информированного согласия родителей, полная клиническая оценка, предоставляемая направляющим врачом, вместе с записью родословной семьи генетиками нашей команды. Это исследование имеет этическое одобрение Университета медицинских наук AJA в Тегеране, Иран (код: ???)

секвенирование целого экзома

Вкратце, после подготовки образца крови, выделения ДНК, обогащения фрагментов геномной ДНК с помощью> 340 000 зондов, разработанных против человеческого генома (Nextera Rapid Capture Exome, Illumina); Подготовка библиотеки на платформах Illumina NextSeq или HiSeq 4000 (Illumina) проводилась на средней глубине покрытия 70-100X.

В анализе силикона

На основе метода семейного наследования была применена стратегия многоэтапной фильтрации, чтобы сузить идентифицированные варианты до небольшого числа. Применение общедоступных баз данных, таких как 1000 Genome Project, dbSNP, ClinVar, SIFT, Polyphen, программное обеспечение Mutation Taster и собственные базы данных (Iranome), для выявления возможных вариантов причин.

Sanger Sequencing