Сочинение на тему Исследование разных генов и серотипов
- Опубликовано: 11.09.2020
- Предмет: Наука
- Темы: Биология, Ген, генетика, микробиология
HEV имеют высокий уровень мутации и рекомбинации, потому что они циркулируют в организме человека и животного; стремительно развивается, чтобы создавать новые варианты. Эта быстрая эволюция очевидна из обилия вариантов, идентифицированных ежегодно.
Серотипы HEV определяются нейтрализующими эпитопами капсидных белков вируса, в частности VP1, а также VP2 и VP3 (Oberste et al., 1999a). Белок VP1 является наиболее внешним вирусным капсидным белком и содержит основные сайты нейтрализации, поэтому является идеальной мишенью для разработки вакцины (Oberste et al., 2006). Помимо того, что он является основным сайтом нейтрализации, несколько других детерминант были сопоставлены с VP1, включая: детерминанты вирулентности, термостабильность вирионов, измененный диапазон хозяев, тропизм клеток in vitro, персистирующую инфекцию и морфологию бляшек (Muir et al., 1998). Частичная последовательность генома VP1 является достаточной для идентификации всех серотипов и обычно используется для характеристики серотипа энтеровируса (Oberste et al., 2006; Zhou et al., 2009; Kosakovsky et al., 2005a). Частичное секвенирование гена HEV VP1 показало, что штаммы, принадлежащие к группам A, B и C, находились в совместной циркуляции в Кибере, Кения, в течение периода исследования (2009 – 15). Серотипы HEV, о которых сообщалось в этом исследовании, включают вирус Коксаки А24, А13 и А20; Эховирус E12, E13, E25 и E9, а также HEV A76 и C99.
CV-A20 связан с асептическим менингитом, герпангиной, миокардитом и болезнями Борнхольма (Yin-Murphy et al., 1996). HEV-A76 – это недавно зарегистрированный серотип HEV, генетически классифицированный как EV группы A (EV-A) и связанный с вирусным энцефалитом (Sapkal et al., 2009). Хотя HEV-76 не входит в число наиболее часто встречающихся серотипов HEV (Nasri et al., 2007), он вызвал различные вспышки энтеровируса, включая вспышку вирусного энцефалита, которая произошла в северной Индии в 2006 году (Sapkal et al., 2009).
Результаты гомологии нуклеотидов и аминокислот подтвердили серотипы ≥75% нуклеотидов и ≥85% аминокислот по сравнению с серотипными прототипами и вариантами штаммов (Oberste et al., 2006). Эволюция и геномное разнообразие различных циркулирующих штаммов HEV важны для идентификации рекомбинации и мутаций, которые могут способствовать патогенезу различных серотипов (Oberste et al., 1999a). Разнообразие серотипов представляет собой среду для внутрисеротипной рекомбинации, которая будет определять молекулярные характеристики вирусной популяции. Также возможно, что за эпидемии ответственны как мультисеротипные инфекции, так и эволюция вирусной антигенности (Behura et al., 2013).
Ген VP1 содержит петли BC и DE – важные иммуногенные области, связанные с инфекционностью HEV (L’Huillier et al., 2015). Аминокислотные замены в этих петлях могут значительно изменить нейтрализующую реакцию хозяина на вирус. Примером является Эховирус 9, в котором сообщается, что цитолитические возможности эховируса 9, полученного из литического клона, в островках поджелудочной железы человека, модифицированы одной аминокислотной заменой (T81A) в капсидном белке VP1 (Paananen et al., 2013). Мы обнаружили, что штамм ECHO-E9, идентифицированный в этом исследовании, имел аминокислотную замену T81A, что указывает на цитолитическое состояние, которое может привести к некрозу островков поджелудочной железы человека. Аминокислотные замены в некоторых случаях приводили к изменениям вирусной антигенности (например, один аминокислотный аланин в положении 107 в белке VP1, когда он заменен на треонин в штамме CCA, резко уменьшал репликацию EV71 в результате нарушения расщепления при созревании белок VP0 во время сборки EV71 и последующего вирусного непокрытия (Zhang et al., 2017). Единственное изменение аминокислоты в положении кодона 103, наблюдаемое в HEV – A76, транслировалось в переход от глютамина к метионину. Дальнейшие исследования in vitro могут объяснить влияние этой аминокислотной замены.
Отрицательный отбор играет важную роль в поддержании долгосрочной стабильности вируса путем удаления вредных мутаций. Эта форма отбора обеспечивает сохранение любых улучшенных структур (Косаковский и др., 2005b). Многочисленные аминокислотные замены в нашем исследовании серотипов предполагают, что вирусы подвергаются отрицательному отбору. Это подтверждается FEL и SLAC-анализом HEV-A76 (Таблица 4), который предложил очистительный отбор и хорошо коррелировал с предыдущим исследованием (Opanda et al., 2016), которое также предполагало отрицательный отбор циркулирующих энтеровирусов в той же возрастной группе в Кении .
Отрицательный и положительный отбор наблюдались в CV – A20, что позволяет предположить, что в этом штамме серотипа действуют как очищающее, так и проникающее давление (Linsuwanon et al., (2012).
BUSTED обнаружил значительные доказательства (LRT, p-значение = 0,000 ≤ 0,05) эпизодического диверсифицирующего отбора по всему гену в тестовых ветвях исследования ECHO – E25 филогении. Существуют доказательства того, что, по крайней мере, на одном участке, по крайней мере, в одной тестовой ветви был отмечен диверсифицированный отбор по серотипу ECHO – E25 (Murrell et al., 2015). Положительный отбор в CV – A20 и ECHO – E25 указывает на тенденцию вируса избегать стабилизирующего отбора путем положительного мутирования некоторых остатков в антигенном эпитопе, в частности остатка, расположенного на поверхности петель BC и DE, и дальнейшего расхождения в результате других гомологичные HEV серотипы (Zhou et al., 2016). Отборочный анализ, проведенный на аминокислотных последовательностях VP1 в нескольких исследованиях, показал, что большинство положительно отобранных кодонов находятся в областях петли BC и DE (Zhou et al., 2016). Это говорит о том, что положительный отбор, выявленный в CV – A20 и других штаммах в этом исследовании, может оказывать антигенное действие.
Мужчины очень долго правили в индустрии фитнеса. Не удивительно, что женщины в равной конкуренции соревнуются с мужчинами в индустрии фитнеса. Они также ищут идеальное тело,
Есть несколько разных циклов, вокруг которых вращается Земля. Некоторые из циклов были затронуты катастрофой Фукусима-Дайхатсу. Завод в Фукусиме пострадал от землетрясения силой 9,0 балла. Растения,
Этот эксперимент проводится для наблюдения за развитием эмбрионов перепелов в течение нескольких дней. Эмбрион перепела обычно развивается и выводится через 20-21 день. Мы провели эксперимент