Сочинение на тему Плавательный краб семьи Portunidae Rafinesque-Schmaltz

Образцы C. feriata Linnaeus, 1758 были приобретены в рыбной гавани Карачи в Пакистане (рисунок 1) и хранились при -20 ° C для дальнейшего молекулярного анализа. Всего для исследования отобрано пять экземпляров C. feriata. Мышцы Chela использовались для извлечения геномной ДНК, процесс был сделан кошкой из набора Qiagen DNeasy для крови и тканей. № 69504, 523 пары оснований bp сегментов ДНК-мишени амплифицировали с помощью полимеразной цепной реакции с использованием двух универсальных праймеров гена 16SrRNA в геноме ДНК mt. Цепная реакция полимеразы была завершена в примененном термоциклере Bio-system 2720. Профиль термоциклирования осуществляли с помощью следующих этапов: цикл денатурации (начальный) 10 минут при 95ºC, затем 40 циклов: 1 минута при 95ºC, 1 минута при 46ºC и 2 минуты при 72ºC с окончательным удлинением при 72ºC в течение 10 минут и праймеры. 16Sar 5ʹ-cgcctgtttatcaaaaac at-3ʹ в сочетании с обратным праймером 16Sbr 5ʹ-ccggtctgaactcagatcacgt-3ʹ Palumbi et al. 1991; Шуберт и соавт. 2000; Фратини и соавт. 2005 успешно амплифицированные продукты ПЦР были отправлены в компанию Macrogen Корея для очистки и секвенирования. Данные о последовательностях ДНК анализировали с помощью прикладного программного обеспечения Bio-system sequence scanner v1.0. Новые данные о последовательности были представлены в Genbank. Последовательности ДНК первоначально искали на предмет сходства последовательностей на основе бластинга 2.2.26 + Zhang et al. 2000 новые нуклеотидные последовательности были представлены в базы данных нуклеотидных последовательностей NCBI KU296934, KU296935, KU296936, KU296937 и KU130125, кроме того, в наши анализы были включены следующие последовательности, заархивированные в молекулярных базах данных: инвентарный номер Genbank: KF3861471, AY497291.1 DQ062727.1 Китай AM410535.1 Вьетнам и KJ132522.1 Тайвань полученные последовательности ДНК были первоначально выровнены с использованием Clustal W Thompson et al. Эволюционные отношения 1994 года были проанализированы с использованием метода максимального правдоподобия в соответствии с моделью Тамура-Ней. Эволюционный анализ Tamura и Nei 1993 года был направлен с использованием Mega 6: молекулярно-эволюционный генетический анализ, версия 6.0. Tamura et al. В 2013 году полученные данные последовательности ДНК были использованы для расчета генетической гетерогенности в C. feriata и оценены как гаплотипы (h) и нуклеотидное разнообразие (pi), тесты нейтральности Fus Fs Fu 1997 и D-тест Tajima 1989 были применены для проверки отклонений из нейтральной молекулярной эволюции с использованием программного обеспечения DnaSpv версии 5.10 Librado и Rrozas 2009

Результаты и обсуждение

Ампликоны гена 16S рРНК C. feriata, обнаруженные в прибрежных водах Пакистана, показали на 99% наибольшую гомологию с представителем C. feriata из Индии, Китая, Вьетнама, а также Тайваня. Кроме того, все имеющиеся частичные фрагменты 16S рРНК C. feriata получили регистрационный номер генного банка: KF 220503.1-KF 220506.1 KF 386147.1 Индия KF 3861471 ay 497291.1 DQ 062727.1 Китай, 410535.1 Вьетнам и KJ132522.1 Тайвань для дальнейших исследований, все доступные данные Индо Тихоокеанский регион (n = 14) был оценен для эволюционного филогенетического построения дерева и проверки генетических отношений в разнородной популяции индо-тихоокеанского региона. Принимая во внимание, что Charybdis annulata работал как внешняя группа. Эволюционная история была обусловлена ​​использованием метода максимального правдоподобия, основанного на модели Тамура-Ней Тамура-Ней 1993 года (NJ), методом соединения соседей – матрицей парных расстояний, выраженной с помощью подхода максимального составного правдоподобия. Филогенетический анализ включал 14 нуклеотидных последовательностей и целых 299 позиций в конечном наборе данных. Результат выявил монофилетические отношения во всех соответствующих последовательностях C. feriata из Индии, Китая, Вьетнама, Тайваня и Пакистана. Гаплотип был оценен в C. feriata из Пакистана. Было отобрано пять представителей, из которых было получено три гаплотипа, и разнообразие гаплотипов составило 0,70, тогда как было выявлено, что разнообразие гаплотипов в индо-тихоокеанском регионе составило 1,0 в Индии, 0,667 в Китае и 1,0 во Вьетнаме. и Тайвань.

Нуклеотидное разнообразие (pi) указывает на процентную разницу среди гаплотипов у видов. Разнообразие нуклеотидов было самым высоким в Индии 0,0113, а самое низкое наблюдалось в Китае 0,0014, тогда как разнообразие нуклеотидов 0,00163 наблюдалось в Пакистане. В таблице 1 было показано, что генетическая гетерогенность не обнаруживает филогенетической дискриминации у представителя C. feriata в индо-тихоокеанском регионе. Согласно Ма и соавт. 2015 и Huang 2009 отметили, что разнообразие гаплотипов варьировалось от 0,867 до 0,891 в полном геноме C. feriata и 0,787 в гене COI. Они были очень похожи на настоящее исследование. Фратини и соавт. 2002 и Lai et al. 2010 показал, что умеренно высокое разнообразие гаплотипов и относительно и минимальное расхождение последовательностей примерно у 0,5% у крабов Portunid, сходных с другими морскими ракообразными или морскими организмами с планктонными личинками. Аналогично, согласно Hou et al. В 2016 году в пределах сесармидского краба был отмечен умеренный уровень разнообразия Hap (h), а низкая дивергенция нуклеотидов находилась в диапазоне от 0,338 до 0,731 и от 0,00058 до 0,00278 соответственно. Высокая генетическая дивергенция объясняется неодинаковыми условиями среды, характерными для индивидуальной продолжительности жизни. Эти факторы помогают поддерживать высокий уровень дивергенции в популяциях Nei, 1987; Avise, 2000; Ма и соавт. 2015 Ма и соавт. В 2015 году также наблюдалась дивергенция нуклеотидов у C. feriata во множественных областях на юго-восточном побережье Китая, и она колебалась в пределах 0,0011–0,0013 на район, что было очень похоже на текущее исследование. Обширное распределение было предсказуемо предназначено для многих морских видов, принадлежащих к разным таксонам, что подтверждает идею о том, что видообразование является редким явлением в морском царстве Becker et al. Тесты нейтральности 2007 года были применены к оценке нейтральной эволюции D Таджимы, которая показала d = -1,48074 р 0,10, тогда как Fu и Lis были D = -1,82689 р 0,10. Fus и Fs статистика составляли d = -1,475 р 0,10, что предполагает либо популяцию дорогой, либо чистый выбор. В индо-тихоокеанском регионе статистика D была отрицательной со значительным отклонением от мутационно-дрейфового равновесия и предполагала увеличение популяции или очистку таблицы отбора 2 в соответствии с ma et al. 2015 г. C. feriata подверглась увеличению популяции после периода низкого эффективного размера популяции и внезапного увеличения популяции, что может повлиять на генетическую дивергенцию популяции и гаплотип. В случае экспансии популяции из-за процесса мутации вырабатывался дополнительный гаплотип, но затем он удалялся генетическим дрейфом Avise et al. В 1984 г. C. feriata подверглась высокому эксплуатационному давлению, и в последние несколько лет их вылов постепенно снижается, и существует необходимость в надлежащей защите и организации этого вида.